Durante la segunda mitad del siglo XV, Pamplona fue el epicentro de la crisis política de Navarra. la ocupación militar de los ejércitos castellanos-aragoneses (estrategia usurpadora pergeñada por Fernando, autodenominado  "el católico"  en el año 1512), la anexión  definitiva a esa corona (año 1515) y la sumisión definitiva tras la batalla de Noáin (año 1521) modificaron el espectro político-cultural de la otrora reluciente capital.

En los aspectos religiosos, durante cuatro siglos las diócesis fueron gobernadas por obispos extranjeros (no nafarrotarras al menos). De tal modo, diversos obispos del siglo XVII ostentaron la máxima autoridad Nafarroa y Gizpúzkoa al ser, de igual modo, las más altas autoridades eclesiasticas, civiles y militares. Los nuevos conventos levantados en territorio pamplonés le habían dado un carácter clerical a la capital. La corporación municipal había pasado a denominarse Regimiento, con su Prior como máximo referente. Los veinte "barrios o barriales" estuvieron bajo su autoridad: organizaba la limpieza, así como se encargaba del alumbrado, el orden y la conducta moral de los vecinos. Por sobre todas las directivas sobresalía una: cuando llegaba la hora del toque de la oración (al atardecer), todos los ciudadanos debían guardarse en sus casa, dado que los puentes levadizos de los seis portales se clausuraban hasta el amanecer del día siguiente y era peligroso transitar a oscuras. Más que una recomendación se trataba de órdenes a cumplir so-pena de durísimas multas a pagar.

Sin embargo, ni siquiera tal grado de organización social salvaría a Pamplona (Iruña o Iruñea) del daño causado por las pestes, socavando su integridad social. En el año 1599, la peste bubónica haría estragos en la población,. para salvaguardarse, desde la fe, una ciudad profundamente religiosa, no tardaría en hacer votos solemnes. Entre ellos, guardar vigilia en vísperas de San Fermín Y San Sebastián (06 de enero y 19 de enero, respectivamente) y hasta abstenerse de comer carne.

Otro voto dio en llamarse el de "Las Cinco Lenguas", con procesión incluida como la de los Jueves Santos, tan sólo porque un cura franciscano asegurara que las pestes acabarían a condición de asistir procesiones. Aún perduran aquellas tradiciones, pero sin flagelantes.

En cuanto a la lengua madre, se operaron cambios profundos. Durante el siglo XV, gran parte de la población hablaba el Euskara tanto como el Romance nafarrotarra y el castellano. De todos modos, la constante migración de extranjeros hacia Pamplona dificultaría la preeminencia del Euskara. Nuestro idioma sólo conservó protagonismo en las calles y en los mercados. También los Vicarios de las cuatro parroquias eran vascos y pretendieron dar las misas en euskara, pero las intenciones foráneas eran otras y con el idioma castellano casi impuesto comenzaría el lento repliegue dela lengua madre.

Durante siglos se creyó erróneamente que Nafarroa había recibido del primer rey borbón fueros y privilegios desde su constitución política para sus instituciones y el particular régimen socio-económico-militar que la sostenía. En realidad, tales derechos le pertenecían desde siempre, aunque al entregarle a Madrid, cetro y Corona Iruña se convertiría, tristemente, en la capital de una "Provincia Foral"

La ocupación del reino de Navarra- otra falacia histórica.

La trama pergeñada por el monarca aragonés para apoderarse del reino navarro, por el tenor y las consecuencias que acarrearía, no pudo concretarse sin la complicidad del Vaticano y su Papa, Julio II, quien se avino a firmar junto a la poderosa Inglaterra el Tratado de la Santa Liga para excomulgar falazmente a los legítimos dueños de la corona navarra, los reyes Juan y catalina de Albretch.

Una vez consumado el atropello jurídico, los ejércitos del duque de Alba, partieron desde Gasteiz, en el mes de julio, para ocupar militarmente los territorios del reino, obligando a la familia real a refugiarse en Lumbier y pedir ayuda militar a Francia. Sin embargo, la disparidad de fuerzas haría que una a una, distintas poblaciones navarras jurasen obediencia al invasor y tan sólo algunas regiones agramontesas opondrían resistencia por algún tiempo.

Al paso de los años y tras arduas negociaciones, los pamploneses lograron ser considerados súbditos y no vasallos del rey. En teoría o pactos contraídos, la diferencia estaba en la relación y los resultados conseguidos no fueron, precisamente, de escasa monta en lo referido a ciertas libertades que el monarca prometió otorgar a los navarros. En la práctica, nada de eso ocurrió, potenciando los planes del rey Juan, exilado, quien logró reunificar sus tropas diezmadas merced al reclutamiento de nuevos aliados para reconquistar la Plaza. No obstante, los rigores del invierno y la escasa combatibidad del nuevo ejército acabaría en un nuevo fracaso

De un segundo intento de recuperación de la Plaza por parte del ex monarca (1516) surgiría la necesidad por parte de los invasores de reconstruir Pamplona mediante murallas fortificadas que años más tarde (año 1521) resistirían los embates de reconquista por parte del heredero natural de la Corona vasca, Enrique de Albretch