El 17 de mayo de 1937, caía el Gobierno de Largo caballero, siendo sustituido por el Dr. Juan Negrín, un socialista moderado que hasta entonces había ocupado la cartera del Ministerio de Hacienda. El nuevo presidente procedía de una familia de comerciantes de las Islas Canarias y había sido uno de los alumnos más destacados del Premio Nobel, Ramón y Cajal. En el año 1921 había ganado por oposición la cátedra de Fisiología de la Universidad de Madrid y hacia el año 1930 se afiliaba al PSOE.

La caída de Largo Caballero era el resultado de una intensa campaña en su contra por parte de los comunistas, los mismos que antes lo llevaron al poder. Tras su negativa de disolver el POUM (Partido Obrero de Unificación Marxista, sus antiguos aliados lo atacaron resueltamente. Cuando el mismo Largo Caballero llegara a insinuar la salida del PCE del gobierno, el vasco Indalecio Prieto se opuso y con él se solidarizaron Negrín y Alvarez del Vayo, además de los propios comunistas. Su dimisión, entonces, se tornó inevitable.

El nuevo gobierno de Negrín comenzó una etapa de reformulación de planes y convirtió en Ministro de Defensa al controvertido Indalecio Prieto, a Manuel Irujo como Ministro de Justicia y a JUlián Zugazagoitía como Gobernador.

Intentaría Manuel de Irujo fortalecer su programa de reconversión carcelaria para acabar con los abusos, maltratos y desapariciones de encausados. Sin embargo, las sucesivas derrotas del ejército republicano, rápidamente eclosionaron en crisis dentro del nuevo gobierno. El primer funcionario en dar la guerra como perdida fue el propio Indalecio Prieto, creando en el Gobierno Autónomo Vasco las consabidas divisiones internas.

Las divisiones dentro del gobierno republicano y del propio PNV vasco, respecto de las acciones emprendidas y a emprender durante la guerra civil serían tantas y de tan distinto tenor que al cabo de tres años de luchas intestinas sólo podemos decir que los resultados obtenidos fueron sólo las consecuencias lógicas de tamañas incongruencias.

En la primavera del año 1939, comenzará a gestarse otra crisis de envergadura en el seno de las fuerzas que conformaban el gobierno Vasco que pondría a prueba la última estrategia de unidad propiciada por el Lehendakari José Antonio Agirre. Éste pretendía ajustar el programa del Gobierno de Euskadi a la nueva situación producida por la guerra, conjugándola con los avances del espíritu nacional entre los vascos (sic).

En el mismo sentido, el presidente vasco se dirigiría a todos los partidos que en aquellos momentos contaban con representación en el Gobierno en el Gobierno. Es decir, todos excepto el PCE. Como era de esperar la primera respuesta llegaría del propio PNV:

"El Partido Nacionalista Vasco entiende que el gobierno de Euskadi ha cumplido lo que s epuede llamar la primera fase de su cometido que abarca el período comprendido por la guerra y el período que le sigue. Por tanto, el PNV colaborará con todas las organizaciones politicas que se ajusten al principio de nacionalidad vasca y de todos aquellos derechos que del reconocimiento de la misma se derivan. El partido considera que para mejor compenetración de los distintos elementos que han de constituir el Gobierno en el nuevo período político, sean las mismas personas que actuaron durante la guerra, para que no sufran detrimento las futuras gestiones".

Rápidamente, aceptaron la propuesta ANV (Acción Nacionalista Vasca) e IR (Izquierda Republicana) y por supuesto, quien se opondría no sería otro que el CCSE (Comité Central Socialista de Euskadi).

El tema de la obediencia vasca a las políticas del PNV quedarían en suspenso durante algunos meses. Los propios dirigentes vascos socialistas no lograban ponerse de acuerdo en las política a seguir debido al expreso poderío de los nacionalistas vascos dentro del propio gobierno vasco. El cruce permanente de acusaciones entre Agirre, Monzón y Prieto se asemejaría a una saga interminable, mediante cartas y documentos, (algunas hechas públicas de forma intencional), por la disconformidad de los socialistas respecto de su escasa representación en las delegaciones europeas, sobre todo en el Estado francés.

El documento de Aznar sea quizá, la síntesis del pensamiento socialista de la época: "La República ha desaparecido con la guerra y se ha producido una situación desesperante tras haber perdido la batalla de las armas. Ha existido insubordinación en las propias fuerzas políticas y militares y también en las de nuestro camarada Negrín al frente de su gobierno, llenos de actos dictatoriales, enfrentándose con las Cortes, única institución que los socialistas reconocemos como indiscutiblemente legal".

En dicho documento Aznar reconocería la división existente en el socialismo español, rescatando la figura de Indalecio Prieto, con quien acabará enfrentándose.