El imparable avance de las tropas alemanas sobre Francia obligaría al gobierno local a abandonar París, tornándose más que complicado a partir de ese momento la superviviencia de los refugiados vascos en Bélgica y Francia. A partir de mediados de mayo los grupos fugitivos se instalaron en cercanías de Dunkerke. De todos modos, Agirre y los suyos sabían claramente que estaban sitiados no sólo por las tropas alemanas, sino también por los servicios de inteligencia nazi-españoles.

Ante la gravedad de la situación, Agirre y uno de los sacerdotes que lo acompañaban en el exilio, intentaron infructuosamente entrevistarse con las autoridades militares británicas. Cuando todos los intentos fueron infructuosos, tras la muerte de un miembro de la Delegación Comercial Vasca en Bélgica, Agirre decidió ocultarse en un colegio de jesuitas en cercanías de Bruselas.

Sin embargo, según se desprende de una carta de su puño y letra, el destino estuvo de su parte, porque cuando arreciaron las requisas a los institutos religiosos en busca de "disidentes", un cónsul americano que encabezaba una de aquéllas, al reconocerlo, se mostró partidario de los vascos, tanto por su nobleza como por injusta agresión que sufrieran por parte de los criminales fascistas. De modo que, al parecer, llegó la promesa de pronta restitución de la documentación pertinente para abandonar Europa.

Fue así que seis meses más tarde, con la colaboración del cónsul panameño, Guardia Jaén, iniciaron las gestiones para abandonar el país con la "documentación regularizada" para los 42 refugiados vascos. Cuando parecía que la Gestapo obraba por la suyas, intensificando la búsqueda de Agirre, la propaganda vasca que aún participaba de los hechos, haría correr fuertes rumores entre las diplomacias involucradas, haciendo creer que Agirre se encontraba en Londres.

En otra movida propia de "dementes" o audacia pura, el cónsul panameño le propuso a Agirre que se presentase ante la Gestapo bajo la "documentación obtenida", José Andrés Alvarez Lastra, para solicitar permiso de abandonar Bélgica por la frontera rusa, con destino final a Oriente.

La planificación estaba estudiada en todos sus detalles y aunque había mucho para perder, la falta de opciones, al parecer haría posible un escape cinematográfico. Todo se desprende de una carta escrita por el secretario de Agirre, Pedro de Baldasúa, en el momento en que se disponían abandonar París:

"Hoy, justo cuando nos disponíamos abandonar París para trasladarnos a la Agencia Cook en busca de los pasajes, una llamada misteriosa nos informó que un amigo llegaba para vernos y que se trataba de un asunto urgente.

"La impaciencia me consumía mientras me trasladaba a uno de los barrios periféricos de la capital. Allí, en un departamento cuyo domicilio conocía, pude estrecharle la mano a un viejo amigo que traía consigo una tarjeta de presentación. Su credencial no pudo ser más halagüeña. Estaba a nombre de José Andrés Alvarez Lastra. El amigo era portador de un mensaje de Agirre para todos los compatriotas. "CUMPLE CON EL ENCARGO, POR FAVOR", rezaba al final la misiva. Con emoción me hice cargo del mandato y me propuse hacerlo llegar al mundo entero. Era preciso hacerlo llegar a la zona libre y luego a Euskadi".

DE BERLÍN A NUEVA YORK

las Delegaciones vascas en América presionan a favor de José A., Agirre y finalmente, con la invalorable actuación del cónsul panameño consigue el permiso de salida a Suecia. Luego, en Alemania se reunirá con su mujer y sus hijos. Allí residiría dos meses antes de abandonar el continente americano en un buque mercante. Al cabo de algunos meses de navegación, el barco fondeaba en la bahía de Río de Janeiro.

Desde el mes de febrero de ese año, agirre había logrado establecer contacto con Manuel de Intxausti, miembro de la Delegación de Nueva York, gracias a la valija diplomática norteamericana. En Brasil pasará un mes hasta que recibirá la documentación norteamericana y la concesión de una cátedra en la Universidad neoyorquina de Columbia.

"No tengo por qué ocultaros que tanto mi ingreso a este país como la cátedra de Columbia se deben a la intervención directa de personas y organizaciones oficiales de las más altas.

Sin embargo, antes de instalarse en Nueva York, Agirre se trasladará a Uruguay y Argentina para entrevistarse con las autoridades de los respectivos países tanto como de las colectividades vascas. Se iniciaba así, una etapa fundamental del exilio vasco.