La manifiesta incapacidad de la Jefatura de Fuerzas Navales que operaban en aguas del Mar Cantábrico, sumada a la permanente traición de varios de sus Superiores y oficiales, en realidad, franquistas emboscados, tanto en tierra como en embarcados, supuso que la actividad de la Armada leal pudiese alcanzar mínimos objetivos, pero fundamentalmente, estaba destinada al fracaso. Ante ese panorama (con las dotaciones del buque JOSÉ LUIS DIEZ, de la pareja de submarinos y del torpedero en estado de indocilidad permanente, bajo el control del ridículo "Comité de Cabos", donde llevaban la voz cantante los anarquistas) surgió la única opción viable para sostener con alguna expectativa las maniobras en el mar: La formación de la Marina Vasca Autónoma.

Según consta en la notable documentación dejada por el biógrafo más importante que estuviera al lado de Agirre, y a la vez, Consejero de Justicia y Cultura, Leizaola, las razones de la iniciativa tomada por el propio Lehendakari respondían a distintas necesidades:
PRIMERO: Existía la necesidad de pescar para alimentar a la población.
SEGUNDO: Porque los marinos no mostraban voluntad alguna para bajar a tierra.
TERCERO: Existía la necesidad de asegurar el ingreso de recursos que garantizaran la industria vasca.

De manera que al frente de la Marina Auxiliar de Euskadi (dependiente del Departamento de Guerra dirigido por el propio Agirre) fue designado un abertzale puro y a su vez, Capitán de la Marina Mercante, Joakín Eguía Unzueta, oriundo del casco viejo de Bilbo y Al sazón, Subdelegado marítimo del puerto bilbotarra cuando estallara la guerra incivil. Al finalizar su gestión, Eguía dejaría constancia en su Informe Final de 33 folios, otras causas que dieran nacimiento a la Marina de Guerra, constando entre las más importantes, el acoso de la unidades navales rebeldes, el bombardeo de la CAMPA, el minado de los accesos al puerto de Bilbo y el peligro real que significaba el aislamiento total.

Cuando las perspectivas se tornaban funestas, el "Diario Oficial del Gobierno de Euskadi", publicaba el 10 de noviembre de 1936 un Decreto por el que se formaba el Voluntariado del Mar, que iba a proporcionar vascos de excelente predisposición para abrazar la causa nacionalista y que encajaban de manera perfecta para la proyectada "Euzkadiko Gudaritziaren Laguntzako Ontzitaldea". Como indicara Eguía en el citado informe:
"El resultado de la creación de este voluntariado superó con creces todas las expectativas puestas en la convocatoria. El número de inscripciones ascendió a más de 3000 hombres, en el figuraban desde jóvenes de 18 años a hombres de 60 años de edad. A todos ellos, entre otros datos, se les exigía la constancia de la militancia política o sindical. Igualmente, a fin de seleccionar a los especialistas, se hacía constar en fichas creadas al efecto la circunstancia de haber servido en algún buque de la Armada, en qué especialidad y durante cuánto tiempo. El resultado no pudo ser más feliz, pues desde marmitones hasta capitanes, pasando por las especialidades necesarias, había personal capacitado, en número y convicción, para nutrir las categorías de la naciente Flota Auxiliar de Euzkadi".

LOS NUEVOS NOMBRES CON QUE FUERON BAUTIZADOS LOS BACALADEROS:
La base de la Armada vasca debía ser montada forzosamente sobre los antiguos bacaladeros de la PYSBE donostiarra (que en tiempos de paz se dedicaban a la pesca del bacalao, en aguas de Terranova e Islandia, siguiendo una tradición de siglos), reducidos a cuatro tras la captura del GALERNA por parte de los fascistas en octubre del mismo año y la posterior salida al Mediterráneo del TRAMONTANA. Según explicara el jefe de la Marina de Guerra vasca en su informe final, estos bacaladeros reunían las condiciones necesarias como para resistir los embates de la guerra, teniendo en cuenta la solidez de su construcción, su solidez total, su capacidad de tonelaje y el estado general de "bueno a muy bueno".

Por otra parte, un inesperado refuerzo para la incipiente Armada significaría el ingreso a la dársena de Portugalete, del buque VÍRGEN DEL CARMEN, con base operativa en el puerto de Pasajes, cuando el 06 de diciembre se pasara al bando republicano una parte de su dotación.

Nueve días más tarde, el Gobierno Autónomo Vasco publicaba los correspondientes decretos que modificaban los nombres de los bacaladeros desde el castellano al euskara, en un decidido propósito por dar mayor personalidad nacionalista a la incipiente Armada Vasca. De esta forma los bacaladeros pasaron a llamarse:

EL HISPANÍA pasó a llamarse ÁRABA su capitán fue SANTIAGO ASOLO LANDEA.
EL EUSKAL ERRÍA pasó a llamarse BIZKAIA su capitán fue ALEJO BILBAO junto a BELTRÁN DE GEBARA.
EL MISTRAL pasó a llamarse GIPUZKOA su capitán fue MANUEL GALDÓS UZKANGA.
EL VENDAVAL pasó a llamarse NABARRA su capitán fue ENRIQUE MORENO PLAZA.

En homenaje a los cuatro territorios históricos de la región del Hegoalde.

Lamentablemente, las traiciones y deserciones se produjeron sin solución de continuidad, conspirando contra la normal operatividad de estos bacaladeros, de manera que el curso de la nefasta guerra incivil desatada con el nacionalismo vasco encontraría triunfadores de "la nada" a un fascismo criminal y continental formado por ejércitos de aire, tierra y mar del más criminal aún Hitler junto al fascismo de Mussolini.